Ιωνία 1890. Τα πρώτα εκατό μέλη του μουσικού συλλόγου "Ορφέας" αποφασίζουν να επεκτείνουν τις δραστηριότητές τους και τον ελληνικό πολιτισμό, σε αθλητικές εκδηλώσεις, στις οποίες θα μπορούσαν να απασχοληθούν τα παιδιά και οι έφηβοι, στην ευρύτερη περιοχή της Σμύρνης. Το ελληνικό στοιχείο είναι εντονότατο και ιδιαίτερα δραστήριο στα παράλια της Μικρασίας, με αποτέλεσμα στις πρώτες εγγραφές νέων μελών να υπάρξει μεγάλο ενδιαφέρον από την νεολαία της εποχής.
Έτσι, "εγένετω" ο ΠΑΝΙΩΝΙΟΣ ΣΜΥΡΝΗΣ που είχε έδρα το μεγαλύτερο λιμάνι της Σμύρνης και στον πρώτο χρόνο της λειτουργίας του, απασχολούσε χίλια παιδιά!
Ταυτόχρονα με την μουσική ενασχόλησή τους, τα Ελληνόπουλα της Ιωνίας και της Σμύρνης αθλόντουσαν καθημερινά στον στίβο, στο τρέξιμο, στις μεγάλες αποστάσεις και σε κάθε είδους αθλοπαιδίες. Η πρωτοποριακή κίνηση αθλητισμού από τους Σμυρνιούς, θα βρει μιμητές από τους Έλληνες της Κωνσταντινούπολης αρκετά χρόνια αργότερα.
Σμύρνη 1922. Η πανέμορφη παραλία της Σμύρνης έχει παραδοθεί στις φλόγες και η Μικρασιατική καταστροφή, μαζί με τον ελληνικό ξεριζωμό, ανακόπτει κάθε δραστηριότητα του ΠΑΝΙΩΝΙΟΥ. Ο -επίτιμος- πρόεδρος του ιστορικού συλλόγου, ο Χρυσόστομος Σμύρνης, δεν υπάρχει πια, αλλά οι Σμυρνιοί που φτάνουν κατά εκατοντάδες στην μητέρα Ελλάδα, κουβαλούν εκτός από τα λίγα υπάρχοντά τους και την "φλόγα" της καρδιάς για την επανίδρυση του ΠΑΝΙΩΝΙΟΥ ΝΕΑΣ ΣΜΥΡΝΗΣ.
Στις αρχές του 1937 παραχωρείται από την τότε Κοινότητα Νέας Σμύρνης έκταση 10 στρεμμάτων, περίπου για την δημιουργία του νέου σταδίου, το οποίο εγκαινιάζεται το 1939 και οι Νεοσμυρνιώτες, βλέπουν να γίνεται πραγματικότητα το μεγάλο όνειρό τους. Με σταθερές αρχές, το "ευ αγωνίζεσθαι" και την ευγενή άμιλλα, ο ΠΑΝΙΩΝΙΟΣ γίνεται ένα αθλητικό "μελίσσι" και εξελίσσεται σε μια από τις πιο αθλητικές γειτονιές της ελληνικής πρωτεύουσας.
Το ποδοσφαιρικό τμήμα του ΠΑΝΙΩΝΙΟΥ Γ.Σ. ιδρύεται το 1895 και έμελλε να αποτελέσει το μεγαλύτερο φυτώριο παικτών, τουλάχιστον για τρεις δεκαετίες.
Ο Β' Παγκόσμιος Πόλεμος διακόπτει το Πρωτάθλημα Αθηνών, στο οποίο ελάμβανε μέρος ο ΠΑΝΙΩΝΙΟΣ, αλλά στην διάρκεια της Κατοχής, αρκετοί ποδοσφαιριστές δίνουν φιλικές αναμετρήσεις ακόμα και για να εξασφαλίσουν τα "προς το ζην".
Το ποδοσφαιρικό τμήμα του ΠΑΝΙΩΝΙΟΥ, επαναλειτουργεί κανονικά και συμμετέχει στο πρώτο μεταπολεμικό πρωτάθλημα των Αθηνών, προσελκύοντας χίλιους φιλάθλους σε κάθε αγώνα της "κυανέρυθρης" ομάδας, ενώ οι δύο εξέδρες που υπήρχαν δεν ήταν αρκετές για να χωρέσουν τους φίλους του ΠΑΝΙΩΝΙΟΥ.
Στο πέρασμα του χρόνου ο ΠΑΝΙΩΝΙΟΣ, ανέδειξε, τουλάχιστον, τρεις ενδεκάδες διεθνών ποδοσφαιριστών που έγραψαν ιστορία με τις επιδόσεις τους και τα ονόματά τους ηχούν ακόμα στα αυτιά των νεότερων γενιών των Νεοσμυρνιωτών.
Ποιος δεν θυμάται τον "ήρωα του Ταμπερέ", τον αείμνηστο Νίκο Πεντζαρόπουλο, τον Νίκο Ζαρκάδη, τον Φώτη Τσολιά, τον Κερδεμελίδη, τον Θανάση Σαραβάκο, τον Στάικο και τον Τσουχνικά από την δεκαετία του '50, τον Κυριάκο Καζαντζίδη, τον Στάθη Χάιτα, τους Γιώργο και Γιάννη Γιαννακόπουλο, τον Στέλιο Σώχο, τους αδελφούς Παπουλίδη από την δεκαετία του '60, Τον Αχιλλέα Αθανασούλα, τον Βίκτωρα Θεοφιλόπουλο, τον Γιώργο Σκρέκη, τον Γιώργο Δέδε από την δεκαετία του '70 και δεκάδες άλλους ποδοσφαιριστές.
Μπορεί ο ΠΑΝΙΩΝΙΟΣ να μην έχει κατακτήσει μέχρι τώρα τον τίτλο του Πρωταθλητή Ελλάδος, αλλά διαδραμάτισε καθοριστικό ρόλο, κυρίως, στις δεκαετίες του '60 και του '70, ενώ έχει συμμετάσχει σε έξι τελικούς Κυπέλλου Ελλάδας και έχει στεφθεί δύο φορές Κυπελλούχος (1979,1998).
Ο ΠΑΝΙΩΝΙΟΣ συνεχίζοντας την υπεραιωνόβια ιστορία του, παραμένει πιστός στις παραδόσεις του για την ανάδειξη ταλαντούχων ποδοσφαιριστών και παρά τον διπλό υποβιβασμό στο πρωτάθλημα της Β' Εθνικής, εξακολουθεί να είναι ξεχωριστή, ποδοσφαιρική οντότητα ανάμεσα στις αθηναϊκές ομάδες και στις προτιμήσεις των Ελλήνων φιλάθλων.
Ο Δήμος της Νέας Σμύρνης που είχε αναλάβει την διοίκηση της ΠΑΕ ΠΑΝΙΩΝΙΟΣ από την περίοδο 1992-93, συνέβαλε αποφασιστικά στην αναμόρφωσή του, ενώ αποτέλεσε τον μεγαλύτερο ηθικό και οικονομικό στυλοβάτη της "κυανέρυθρης" Π.Α.Ε. Ο Δήμος της Νέας Σμύρνης αναγνωρίζοντας την υπεραιωνόβια ιστορία του ΠΑΝΙΩΝΙΟΥ, ανέλαβε την διοίκηση του συλλόγου, με ιστορικούς και κοινωνικούς όρους, ενώ έχει συνδέσει άρρηκτα την ιστορική διαδρομή του με τον μεγαλύτερο αθλητικό "πρεσβευτή" της πόλης.
Από το καλοκαίρι του 2002 η ΠΑΕ Πανιώνιος πέρασε σε ιδιώτη επενδυτή ο οποίος και αγόρασε το πακέτο των μετοχών.